日本的上班族冈岛绿郎在一次去东南亚的出差中,被和海盗差不多的运输商BLACK LAGOON的成员绑架。公司为了保守机密派遣雇佣兵要抹煞掉成为了人质的冈岛,但是冈岛凭借其智慧从这绝境中脱险了。被公司抛弃的冈岛舍弃了了姓名和立场,改名Rock成为了BLACK LAGOON的成员。原军人的老板Dutch,机械工Benny,有双枪别名的枪手Revy,和Rock一起,乘坐改造鱼雷艇BLACK LAGOON号在南方的大海上驰骋着而女主角则是美女双枪侠·蕾葳,任何危险的工作她都可以胜任！
